科源制藥堅持以安全第一、綠色生態、和諧健康、持續發展為己任，進行全面的EHS管理，建設綠色科技型醫藥企業。嚴格貫徹“安全第一、預防為主、綜合治理”的國家安全方針，全面推進雙重預防體系建設，防范于未然，確保安全零事故。加大環保投入，確保“三廢”管理合規合法。牢牢抓住安全生產和生態環境保護不放松，堅持走生態發展之路，増強可持續發展能力，突出實施生態循環、生態防護、生態環保、和諧統一。
公司每年組織安全生產培訓及實戰演練，進一步提高操作人員、管理人員的安全技能和水平。堅持每日安全隱患排查，對風險進行分組管控，強化智能化安全預警與監控系統，明確安全責任，嚴格考核標準，促進公司的安全發展、科學發展。
